流式数据质控：如何运行、复核与排查

运行前，先确认输入与范围

核对原始文件、事件数和通道，并单独检查补偿状态。在分群统计前，应分别确认采集质量和荧光数据的处理历史，不能用其中一项代替另一项。

原始 flowAI 方法检查流速、信号稳定性及测量范围；PeacoQC 根据采集分箱中的通道密度峰变化，结合孤立树和 MAD 方法识别异常。可参考 flowAI 官方说明和 PeacoQC 论文。

FlowApp 在计算线程中运行自身的 JavaScript 实现，并非在浏览器中直接调用原始 R 包。方法名称、截图和本页示例不代表不同版本之间的数值等价，也不能证明某个实验方案已经通过验证。flowAI 是质控算法，不是调用大语言模型。

1. 从样本工具栏或工作流程进入 QC，选择“选择样本”或“选择分组”。
2. 核对处理范围和质控方法。“选择样本”默认纳入当前样本，不代表自动处理全部文件。
3. 运行 QC。首次处理一批数据时，可先查看一个代表样本，再运行更大的批次。
4. 进入 QC 报告或样本详情，分别查看各方法结果，并在生成分析报告前记录标记的复核决定。

当前入口可选择质控方法，尚未提供完整的算法阈值编辑器。选择一种方法，不等于设置了实验室自己的质控合格标准。

这些结果该怎么理解

继续查看流速异常分箱、信号变化、范围异常及标记区域。不同方法的结果不必完全相同；比例接近或汇总显示绿色，都不能证明输入设置和生物学解释正确。

预览、接受与拒绝：记录复核决定，不自动删事件

在样本详情中，“预览 peacoQC 标记”记录预览状态；“接受标记”记录用于报告的接受决定；“拒绝标记”保留本次运行作为审核记录。这些按钮不会自动删除事件，也不会让所有门控按“清洗后数据”重新计算。

界面中的“保留事件”是该方法未标记的事件数，并不说明画布所用文件已经完成过滤。不能因为点击了“接受标记”，就把原有事件数或分群统计当作剔除异常后的结果。

如果实验需要剔除事件，应采用已经核实的事件排除流程，记录输入、剔除范围及重新计算后的结果。本页不将标记按钮描述为“导出清洗后 FCS”的功能。

跟着合成示例跑一次

1. 在独立实验中打开内置示例。
2. 选中 Demo cohort 1.fcs，进入 QC → 选择样本，确认只勾选这一份文件。
3. 勾选 flowAI 与 peacoQC，运行后进入详情。
4. 分别查看两种方法的比例，再接受、拒绝 peacoQC 标记，核对该样本仍为 180,000 个事件。

文件包含合成的免疫面板数据和 Time 通道，不是仪器采集的对照、生物学重复或原始算法对齐基准。此处的比例只用于说明软件操作。

两种方法差异很大，但这不能证明其中一种更准确。合成分布和 Time 数值不是采集质控标准；应核对各方法的判断依据，不能把“标记更少”当作“质控更好”。

下载本次生成的示例摘要（JSON）。摘要包含各方法事件数、实现版本的校验值与限制，不含私人实验文件。后续算法版本的数值可能不同。

常见问题怎么排查

没有 Time 通道，或者时间单位不明确

当前 flowAI 实现会在 Time 缺失或长度不足时跳过基于时间的流速检查。此时“流速异常为零”不能理解为已经证明流速稳定，其他检查仍可能返回结果。解释实际时间单位下的流速，需要有效的 Time 数据与采集时间信息。

PeacoQC 的分箱依赖采集顺序。运行前排序或打乱事件，可能掩盖或制造随采集变化的模式。按事件序号显示的趋势，也不是按秒测得的流速。

标记比例很高

先检查具体区域、输入通道、数值范围和此前的数据处理，不要为了让结果“通过”而随意放宽阈值。高标记比例意味着需要调查，不能直接解释成“死细胞很多”。

批量 QC 一直运行，没有样本完成

先查看正在处理哪份样本、运行哪种方法；需要时使用“当前样本完成后暂停”或“停止”。隐藏窗口不会停止计算。单独重试该样本，按提示恢复原始文件访问，再尝试较小批次。计算时保持浏览器打开。

若仍重复出现，记录事件数、通道数、方法、浏览器及实际报错。内存或计算线程失败，与样本采集异常不是同一件事；程序没算完，不能当作样本质控未通过。也不应通过放开任意脚本执行权限来解决内存错误。

报告显示“未执行 QC”

核对报告纳入的样本和所选方法。某一份样本或某一种方法的结果，不能覆盖其他样本和方法。入口可复用已经完成的方法结果，应核对本次范围，不要默认全部导入文件都已处理。

参考资料与后续操作

Monaco 等：flowAI（2016） · Emmaneel 等：PeacoQC · flowAI 原始软件包 · PeacoQC 原始软件包。

本页操作和软件限制依据 FlowApp 当前实现核对，不直接照搬原始软件包的能力。后续查看门控与分群定义和报告对象与结果。