母群与子群：这个门从哪里开始筛选
子门只作用于母群内的事件，不是文件中的所有事件。选中 T 细胞后画 CD4+ 门，回答的是“哪些 T 细胞满足这个边界”；如果在全部活细胞下画同一边界，回答的问题就不同。
所有事件
活细胞
T 细胞
CD4+ T 细胞
CD8+ T 细胞例子中 CD4+ 与 CD8+ 共用“T 细胞”母群，所以是同级的兄弟门。仅凭缩进相近还不够，应核对实际分群路径。更换母群会改变参与筛选的事件，也会改变 %Parent 的分母。
新建门与重绘门有什么区别
重绘是修改已有门的边界；另存为新建门则新增一个分群。要比较同级门，就从同一母群创建，不能根据上一次选中的形状来猜测母群。
FlowApp 可清空边界并保留层级。保留的节点在重绘之前只是待圈门位置，不等于“测量得到零事件”。依赖它的子群可能需要等待母群完成。
象限门共用一个分割点
标准象限门以当前母群为范围，按 X、Y 通道的两个阈值划分四个分群。这四个分群共用母群和阈值。命名前核对通道及阳性、阴性方向。
未先定义相应上游分群时，CD4/CD8 象限不会自动成为“T 细胞分类”。阈值应有实验依据；自动建议的交叉点不能替代适当对照。
布尔门组合的是事件归属
| 规则 | 包含哪些事件 |
|---|---|
| A AND B（交集） | 同时属于 A 和 B 的事件。 |
| A OR B（并集） | 属于 A 或 B 的事件；两者重叠的事件只计算一次。 |
| NOT A（补集） | 参照母群中不属于 A 的事件。 |
做直观的标记物组合比较时，建议先在同一母群下定义来源门。布尔结果是计算得到的分群，不一定有一个独立可画出的几何边界。
FlowApp 的 AND/OR 以来源分群最近的共同祖先为母群，NOT 以来源门的母群为参照。解读统计前，核对结果节点所在路径与来源门。
事件数与百分比要分清状态
布尔门也会按规则计算事件归属和事件数。“事件数为零”“比例无法计算”“尚未完成圈门”是不同状态。看到百分比时，要核对分母是直接母群还是总事件。
可以试试分群比例计算演示。跨样本应用门控前，检查通道、补偿及分布；复制了边界，不代表分群已经等价。
原始参考资料
一般概念参考 FlowJo 门控层级说明与布尔门说明。FlowApp 特定行为依据当前软件实现核对。
后续可查看从门控结果生成报告。