FCS 文件没有补偿矩阵时怎么办

1. 检查 FCS 元数据和采集记录

FCS 文件可通过 $SPILLOVER 等关键词保存溢出信息。FCS 3.1 标准规定了使用该关键词描述补偿的方式；旧版格式和不同采集软件的写法可能不同，因此要结合参数名称、矩阵状态和仪器导出记录核对。

参见 FCS 3.1 数据文件标准。

2. 避免重复补偿

确认事件值是否已经由采集或分析软件补偿。对已补偿的数据再次应用矩阵可能扭曲结果。记录所用矩阵和坐标变换。

3. 有单染对照时

使用与 panel 荧光染料及检测器相匹配的单染对照，并识别合适的阳性与阴性群体。核对检测器对应关系和计算出的矩阵，再应用到实验样本。可参考 FlowJo 的单染对照建矩阵说明。

4. 既没有矩阵也没有对照时

如果缺少额外假设或参考信息，仅凭普通多色样本通常无法可靠重建传统补偿矩阵。不要把自动猜测的矩阵当成已验证结果。尽量找回采集设置或对照，并记录数据限制，谨慎解释相关荧光指标。

在 FlowApp 中核查

分析前打开补偿面板，查看文件矩阵状态。若显示未检测到矩阵，请先核对源 FCS 元数据和仪器导出记录。软件检测状态不等于对补偿质量的生物学验证。