元数据不只是 FCS 文件名
FCS 格式除事件数据外,还可记录通道名称、采集信息,以及文件提供的样本、板或孔位标识。文件名则是导出软件或研究者另行命名的标签。
可选字段不一定存在。仪器记录的管名,也不能自动说明处理条件、供者或生物学重复。这些实验标签可能需要由样本登记表补充。
按所需字段选择信息来源
| 来源 | 适合补充什么 | 先核对什么 |
|---|---|---|
| FCS 内嵌字段 | 采集时记录的仪器和样本信息 | 原始字段和值,不能只凭名称猜含义。 |
| CSV 样本表 | 研究者已确认的处理、供者、时间点等标签 | 每行对应的样本,以及是否有冲突的字段名。 |
| 文件名文本块 | 统一命名规则中已有的实验标签 | 分隔符和全部文件的提取预览。 |
三种来源可在同一元数据表中补充不同字段,并不是三种互斥的分组模式。每个字段尽量有明确来源,避免同一信息出现相互冲突的版本。
在 FlowApp 中先维护字段
- 从项目或工作流程进入元数据编辑;新建样本分组时,也可通过“管理元数据”进入。
- 点击字段查看来源和已有内容。字段编辑器中的 FCS 原始字段保持只读;需要自定义信息时,新增字段,不改原始记录。
- “导入 CSV”与“新增字段”并排。样本列应填写已导入的文件名。CSV 中与已有字段同名的列可能更新该字段,导入前核对名称与内容。
- 从文件名补充时,新增或选择可编辑字段,再选“从文件名提取”。在代表性文件名上点选对应文本块,一个字段可以组合多个文本块。
- 写入前核对全部文件的预览。分隔符不一致、文本块缺失或命名含义不明确时,先修正,不靠系统猜测。
以一个命名规则为例
Blood_Control_Day7_Donor01.fcs
这只是虚构示例。您可以明确将 Blood 写入样本类型、Control 写入处理条件、Day7 写入时间点、Donor01 写入供者编号。它们的含义来自您确认的实验命名约定,而不是字符串本身证明了这些信息。
如果后续需要分别比较处理条件和时间点,最好分别建立字段,不只保留一个合并标签;供者编号也应单独记录。
核对后再创建分组
在分组页新建样本分组,选择按元数据匹配,点选字段及希望纳入的内容,再核对成员文件。编辑元数据本身不会自动创建 GRP。
组间报告中,不要把成员重叠的分组当作独立组。供者编号是否代表实验单位,要由实验设计决定;它不等同于文件名或管编号。
生成报告前的核对项
- 检查空值,以及 Control、Ctrl 这类意外的命名差异。
- 检查每个所选字段值对应的实际样本数。
- 区分技术重复和生物学单位,配对时使用明确编号。
- 导出报告或请求可选 AI 解释前,移除不宜公开的个人标识。
参考资料与后续操作
FCS 3.1 标准论文介绍了标准化元数据和可选的样本、板及孔位标识。本页编辑与分组步骤依据 FlowApp 当前操作整理。