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补充元数据,再建立样本分组

元数据负责描述样本,分组负责选出分析对象。补充字段不应悄悄改变后续比较的范围。

元数据不只是 FCS 文件名

FCS 格式除事件数据外,还可记录通道名称、采集信息,以及文件提供的样本、板或孔位标识。文件名则是导出软件或研究者另行命名的标签。

可选字段不一定存在。仪器记录的管名,也不能自动说明处理条件、供者或生物学重复。这些实验标签可能需要由样本登记表补充。

按所需字段选择信息来源

来源适合补充什么先核对什么
FCS 内嵌字段采集时记录的仪器和样本信息原始字段和值,不能只凭名称猜含义。
CSV 样本表研究者已确认的处理、供者、时间点等标签每行对应的样本,以及是否有冲突的字段名。
文件名文本块统一命名规则中已有的实验标签分隔符和全部文件的提取预览。

三种来源可在同一元数据表中补充不同字段,并不是三种互斥的分组模式。每个字段尽量有明确来源,避免同一信息出现相互冲突的版本。

在 FlowApp 中先维护字段

  1. 从项目或工作流程进入元数据编辑;新建样本分组时,也可通过“管理元数据”进入。
  2. 点击字段查看来源和已有内容。字段编辑器中的 FCS 原始字段保持只读;需要自定义信息时,新增字段,不改原始记录。
  3. “导入 CSV”与“新增字段”并排。样本列应填写已导入的文件名。CSV 中与已有字段同名的列可能更新该字段,导入前核对名称与内容。
  4. 从文件名补充时,新增或选择可编辑字段,再选“从文件名提取”。在代表性文件名上点选对应文本块,一个字段可以组合多个文本块。
  5. 写入前核对全部文件的预览。分隔符不一致、文本块缺失或命名含义不明确时,先修正,不靠系统猜测。

以一个命名规则为例

Blood_Control_Day7_Donor01.fcs

这只是虚构示例。您可以明确将 Blood 写入样本类型、Control 写入处理条件、Day7 写入时间点、Donor01 写入供者编号。它们的含义来自您确认的实验命名约定,而不是字符串本身证明了这些信息。

如果后续需要分别比较处理条件和时间点,最好分别建立字段,不只保留一个合并标签;供者编号也应单独记录。

核对后再创建分组

在分组页新建样本分组,选择按元数据匹配,点选字段及希望纳入的内容,再核对成员文件。编辑元数据本身不会自动创建 GRP。

组间报告中,不要把成员重叠的分组当作独立组。供者编号是否代表实验单位,要由实验设计决定;它不等同于文件名或管编号。

生成报告前的核对项

  • 检查空值,以及 Control、Ctrl 这类意外的命名差异。
  • 检查每个所选字段值对应的实际样本数。
  • 区分技术重复和生物学单位,配对时使用明确编号。
  • 导出报告或请求可选 AI 解释前,移除不宜公开的个人标识。

参考资料与后续操作

FCS 3.1 标准论文介绍了标准化元数据和可选的样本、板及孔位标识。本页编辑与分组步骤依据 FlowApp 当前操作整理。

后续查看报告对象与图表设置或分组分析功能。

FlowApp 团队 · 核对更新于 .